5 Paquetes recomendados
A continuación se muestra lista de paquetes de R de utilidad para la realización de tareas frecuentes en epidemiología. Puedes copiar este código, ejecutarlo, y todos estos paquetes se instalarán desde CRAN y se cargarán para su uso en la sesión actual de R. Si un paquete ya está instalado, únicamente se cargará.
Puedes modificar el código con símbolos # para excluir los paquetes que no desees instalar.
A tener en cuenta:
Instala primero el paquete pacman antes de ejecutar el código. Puedes hacerlo con
install.packages("pacman"). En este manual hacemos hincapié enp_load()de pacman, que instala el paquete si es necesario y lo carga para utilizarlo en la sesión actual de R. También puedes cargar paquetes ya instalados conlibrary()de R base.En el código siguiente, los paquetes que se incluyen al instalar/cargar otro paquete se indican con una sangría y un hash (#). Por ejemplo, ggplot2 aparece bajo tidyverse en forma de comentario.
Si varios paquetes tienen funciones con el mismo nombre, puede ocurrir enmascaramiento cuando la función del paquete cargado más recientemente tiene prioridad. Lee más en la página de Fundamentos de R. Puedes gestionar estos conflictos con el paquete conflicted .
Consulta la sección de Fundamentos de R sobre paquetes para obtener más información sobre pacman y el enmascaramiento.
Para ver las versiones de R, RStudio y los paquetes de R utilizados durante la producción de este manual, consulta la página de notas editoriales y técnicas.
5.1 Paquetes desde CRAN
######################################################
# Listado de paquetes útiles para epidemiología en R #
######################################################
# Este código usa la función p_load() del paquete "pacman",
# la cual instala el paquete si todavía no está instalado y en caso de no ser necesaria la instalación, procede a cargar el paquete.
# Asegúrate que el paquete "pacman" está instalado
if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
# Paquetes disponibles desde CRAN
#################################
pacman::p_load(
# Aprendiendo R
###############
learnr, # tutoriales interactivos en tu panel de R Studio
swirl, # tutoriales interactivos en tu consola de R
# Manejo de archivos y proyecto
###############################
here, # describir ruta de archivo dentro de la carpeta principal del proyecto
rio, # importación/exportación de múltiples tipos de datos
openxlsx, # importación/exportación de libros con múltiples hojas de excel
# Manejo e instalación de paquetes
##################################
pacman, # instalación/carga de paquetes
renv, # manejo de versiones de paquetes para trabajar con grupos colaborativos.
remotes, # instalación de paquetes desde github
# Manejo general de datos
#########################
tidyverse, # incluye múltiples paquetes para el tratamiento de datos en formato tidy y presentación de los mismos.
#dplyr, # manejo de datos
#tidyr, # manejo de datos
#ggplot2, # visualización de datos
#stringr, # trabajo con cadenas y caracteres
#forcats, # trabajo con factores
#lubridate, # trabajo con fechas
#purrr # iteraciones y trabajo con listas
linelist, # limpiar linelists
naniar, # trabajo con valores perdidos
# Estadística
############
janitor, # tablas y limpieza de datos
gtsummary, # hacer tablas descriptivas con valores estadísticos
rstatix, # realización rápida de test estadísticos y tablas descriptivas
broom, # pasar a formato tidy los resultados de las regresiones
lmtest, # realizar test de likelihood-ratio
easystats,
# parameters, # alternativa para pasar a formato tidy los resultados de las regresiones
# see, # alternativa para visualizar forest plots
# Realización de modelos epidémicos
###################################
epicontacts, # analizar cadenas de transmisión
EpiNow2, # estimación de Rt
EpiEstim, # estimación de Rt
projections, # proyecciones de incidencia
incidence2, # hacer curvas epidémicas y manejar datos de incidencia
i2extras, # Funciones extra para el paquete incidence2
epitrix, # funciones útiles para epidemiología
distcrete, # Distribuciones discretas de demora o retardo
# plots - general
#################
#ggplot2, # incluido en tidyverse
cowplot, # combinar plots
# patchwork, # alternativa para combinar plots
RColorBrewer, # escalas de color
ggnewscale, # para añadir capas de color adicionales
# plots - tipos específicos
########################
DiagrammeR, # diagramas empleando lenguaje DOT
incidence2, # curvas epidémicas
gghighlight, # destacar un subgrupo
ggrepel, # etiquetas inteligentes (smart labels)
plotly, # gráficos interactivos
gganimate, # gráficos animados
# gis
######
sf, # manejo de datos espaciales usando el formato Simple Features
tmap, # producción sencilla de mapas, tanto estáticos como interactivos
OpenStreetMap, # añadir una base con un mapa de OSM a un mapa en ggplot
spdep, # estadística espacial
# reportes rutinarios
#################
rmarkdown, # producción de archivos PDF, Word, Powerpoint y HTML
reportfactory, # auto-organización de los trabajos realizados en R Markdown
officer, # powerpoints
# dashboards
############
flexdashboard, # convierte código de R Markdown en un dashboard
shiny, # aplicaciones web interactivas
# tablas for para presentaciones
#########################
knitr, # generación de reportes y tablas HTML con R Markdown
flextable, # tablas HTML tables
#DT, # tablas HTML (alternativa)
#gt, # tablas HTML (alternativa)
#huxtable, # tablas HTML (alternativa)
# filogenética
###############
ggtree, # visualización and anotación de árboles
ape, # análisis de filogenética y evolución
treeio # visualización de archivos filogenéticos
)5.2 Paquetes desde Github
A continuación se muestran los comandos para instalar dos paquetes directamente desde los repositorios de Github.
La versión de desarrollo de epicontacts tiene la capacidad de hacer árboles de transmisión con un eje temporal-x
El paquete epirhandbook contiene todos los datos de ejemplo de este manual y puede utilizarse para descargar la versión sin conexión del manual.
# Paquetes para descargar desde Github (no disponibles en CRAN)
##########################################################
# Version en desarrollo de epicontacts (para cadenas de transmisión con eje temporal en el eje x)
pacman::p_install_gh("reconhub/epicontacts@timeline")
# El paquete de este manual, el cual incluye todos los datos empleados en los ejemplos
pacman::p_install_gh("appliedepi/epirhandbook")