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# Listado de paquetes útiles para epidemiología en R #
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# Este código usa la función p_load() del paquete "pacman",
# la cual instala el paquete si todavía no está instalado y en caso de no ser necesaria la instalación, procede a cargar el paquete.
# Asegúrate que el paquete "pacman" está instalado
if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
# Paquetes disponibles desde CRAN
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::p_load(
pacman
# Aprendiendo R
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# tutoriales interactivos en tu panel de R Studio
learnr, # tutoriales interactivos en tu consola de R
swirl,
# Manejo de archivos y proyecto
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# describir ruta de archivo dentro de la carpeta principal del proyecto
here, # importación/exportación de múltiples tipos de datos
rio, # importación/exportación de libros con múltiples hojas de excel
openxlsx,
# Manejo e instalación de paquetes
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# instalación/carga de paquetes
pacman, # manejo de versiones de paquetes para trabajar con grupos colaborativos.
renv, # instalación de paquetes desde github
remotes,
# Manejo general de datos
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# incluye múltiples paquetes para el tratamiento de datos en formato tidy y presentación de los mismos.
tidyverse, #dplyr, # manejo de datos
#tidyr, # manejo de datos
#ggplot2, # visualización de datos
#stringr, # trabajo con cadenas y caracteres
#forcats, # trabajo con factores
#lubridate, # trabajo con fechas
#purrr # iteraciones y trabajo con listas
# limpiar linelists
linelist, # trabajo con valores perdidos
naniar,
# Estadística
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# tablas y limpieza de datos
janitor, # hacer tablas descriptivas con valores estadísticos
gtsummary, # realización rápida de test estadísticos y tablas descriptivas
rstatix, # pasar a formato tidy los resultados de las regresiones
broom, # realizar test de likelihood-ratio
lmtest,
easystats,# parameters, # alternativa para pasar a formato tidy los resultados de las regresiones
# see, # alternativa para visualizar forest plots
# Realización de modelos epidémicos
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# analizar cadenas de transmisión
epicontacts, # estimación de Rt
EpiNow2, # estimación de Rt
EpiEstim, # proyecciones de incidencia
projections, # hacer curvas epidémicas y manejar datos de incidencia
incidence2, # Funciones extra para el paquete incidence2
i2extras, # funciones útiles para epidemiología
epitrix, # Distribuciones discretas de demora o retardo
distcrete,
# plots - general
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#ggplot2, # incluido en tidyverse
# combinar plots
cowplot, # patchwork, # alternativa para combinar plots
# escalas de color
RColorBrewer, # para añadir capas de color adicionales
ggnewscale,
# plots - tipos específicos
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# diagramas empleando lenguaje DOT
DiagrammeR, # curvas epidémicas
incidence2, # destacar un subgrupo
gghighlight, # etiquetas inteligentes (smart labels)
ggrepel, # gráficos interactivos
plotly, # gráficos animados
gganimate,
# gis
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# manejo de datos espaciales usando el formato Simple Features
sf, # producción sencilla de mapas, tanto estáticos como interactivos
tmap, # añadir una base con un mapa de OSM a un mapa en ggplot
OpenStreetMap, # estadística espacial
spdep,
# reportes rutinarios
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# producción de archivos PDF, Word, Powerpoint y HTML
rmarkdown, # auto-organización de los trabajos realizados en R Markdown
reportfactory, # powerpoints
officer,
# dashboards
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# convierte código de R Markdown en un dashboard
flexdashboard, # aplicaciones web interactivas
shiny,
# tablas for para presentaciones
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# generación de reportes y tablas HTML con R Markdown
knitr, # tablas HTML tables
flextable, #DT, # tablas HTML (alternativa)
#gt, # tablas HTML (alternativa)
#huxtable, # tablas HTML (alternativa)
# filogenética
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# visualización and anotación de árboles
ggtree, # análisis de filogenética y evolución
ape, # visualización de archivos filogenéticos
treeio
)
5 Paquetes recomendados
A continuación se muestra lista de paquetes de R de utilidad para la realización de tareas frecuentes en epidemiología. Puedes copiar este código, ejecutarlo, y todos estos paquetes se instalarán desde CRAN y se cargarán para su uso en la sesión actual de R. Si un paquete ya está instalado, únicamente se cargará.
Puedes modificar el código con símbolos #
para excluir los paquetes que no desees instalar.
A tener en cuenta:
Instala primero el paquete pacman antes de ejecutar el código. Puedes hacerlo con
install.packages("pacman")
. En este manual hacemos hincapié enp_load()
de pacman, que instala el paquete si es necesario y lo carga para utilizarlo en la sesión actual de R. También puedes cargar paquetes ya instalados conlibrary()
de R base.En el código siguiente, los paquetes que se incluyen al instalar/cargar otro paquete se indican con una sangría y un hash (#). Por ejemplo, ggplot2 aparece bajo tidyverse en forma de comentario.
Si varios paquetes tienen funciones con el mismo nombre, puede ocurrir enmascaramiento cuando la función del paquete cargado más recientemente tiene prioridad. Lee más en la página de Fundamentos de R. Puedes gestionar estos conflictos con el paquete conflicted .
Consulta la sección de Fundamentos de R sobre paquetes para obtener más información sobre pacman y el enmascaramiento.
Para ver las versiones de R, RStudio y los paquetes de R utilizados durante la producción de este manual, consulta la página de notas editoriales y técnicas.
5.1 Paquetes desde CRAN
5.2 Paquetes desde Github
A continuación se muestran los comandos para instalar dos paquetes directamente desde los repositorios de Github.
La versión de desarrollo de epicontacts tiene la capacidad de hacer árboles de transmisión con un eje temporal-x
El paquete epirhandbook contiene todos los datos de ejemplo de este manual y puede utilizarse para descargar la versión sin conexión del manual.
# Paquetes para descargar desde Github (no disponibles en CRAN)
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# Version en desarrollo de epicontacts (para cadenas de transmisión con eje temporal en el eje x)
::p_install_gh("reconhub/epicontacts@timeline")
pacman
# El paquete de este manual, el cual incluye todos los datos empleados en los ejemplos
::p_install_gh("appliedepi/epirhandbook") pacman