× Need help learning R? Enroll in Applied Epi's intro R course, try our free R tutorials, post in our Community Q&A forum, or ask about our R Help Desk service.
Skip to main content

The Epidemiologist R Handbook

49 Ağ sürücülerinde R

49.1 Genel Bakış

R’ı ağda veya “şirket” ortak sürücülerinde kullanmak ek zorluklar ortaya çıkarabilir. Bu sayfa, bu sorunlar üzerinde çalışırken edindiğimiz deneyimlerden sorunları gidermeye yönelik yaklaşımları, yaygın hataları ve önerileri içerir. Bölüm ayrıca R Markdown’ı da içeren özellikle hassas durumlar için ipuçları içerir.

Ağ Sürücülerinde R Kullanımı: Kapsamlı ilkeler

  1. Bilgisayarınız için yönetici erişimi almalısınız. RStudio’yu özellikle yönetici olarak çalışacak şekilde kurun.
  2. Mümkün olduğunda paketleri harfli bir sürücüdeki (örneğin “C:”) bir kitaplığa kaydedin. Mümkün olduğunca az yolu “\" ile başlayan bir paket kitaplığı kullanın.
  3. rmarkdown paketi bir “\" paket kitaplığında olmamalıdır, çünkü bu durumda TinyTex veya Pandoc’a bağlanamaz.

49.2 Yönetici olarak RStudio

RStudio’yu açmak için RStudio simgesine tıkladığınızda, bunu sağ tıklatarak yapın. Makinenize bağlı olarak, “Yönetici Olarak Çalıştır” seçeneğini görebilirsiniz. Aksi takdirde, Özellikler’i seçmek için bir seçenek görebilirsiniz (daha sonra “Uyumluluk” seçeneğinin olduğu bir pencere görünmelidir ve “Yönetici Olarak Çalıştır” onay kutusunu seçebilirsiniz).

49.3 Faydalı komutlar

Aşağıda, ağ sürücülerinde R kullanarak sorunları gidermeye yarayan bazı yararlı komutlar verilmiştir.

Yolları R’ın kullandığı paket kitaplıklarına döndürebilirsiniz. Bunlar, R’ın paketleri kurmak/yüklemek/aramak için kullandığı sırayla listelenecektir. Bu nedenle, R’ın farklı bir varsayılan kitaplık kullanmasını istiyorsanız, bu yolların sırasını değiştirebilirsiniz (aşağıya bakın).

# kitaplığı bul
.libPaths()                   # R'ın yüklediği/aradığı sırayla listelenmiş kitaplık yollarınız.
                              # Not: tüm kitaplıklar listelenecektir, ancak bazılarına (örneğin C :) yüklemek için
                              # RStudio'yu yönetici olarak çalıştırmanız gerekebilir 
                              # (paket kitaplığı açılır menüsü yükleyin)

R tarafından kullanılan paket kitaplıklarının sırasını değiştirmek isteyebilirsiniz. Örneğin, R “\" ile başlayan ve büyük bir harfle başlayan bir kitaplık konumu alıyorsa, örn.”D:“. .libPaths() sırasını aşağıdaki kod ile ayarlayabilirsiniz.

# Kitaplıkların sırasını değiştir
# bu, R'ın bir paket bulma önceliğini etkileyebilir. Örneğin. C: kitaplığınızın önce listelenmesini isteyebilirsiniz
myPaths <- .libPaths() # yolakları al
myPaths <- c(myPaths[2], myPaths[1]) # değiştir
.libPaths(myPaths) # yeniden ata

Pandoc’a bağlanan R Markdown ile ilgili sorunlar yaşıyorsanız, RStudio’nun Pandoc kurulumunuzun nerede olduğunu düşündüğünü öğrenmek için bu kodla başlayın.

# Pandoc'u bul
Sys.getenv("RSTUDIO_PANDOC")  # RStudio'nun Pandoc kurulumunuzun nerede olduğunu düşündüğünü bulun

Bir paketin hangi kütüphaneden yüklendiğini görmek istiyorsanız aşağıdaki kodu deneyin:

# bir paket bulun
# paketin ilk konumunu verir (kütüphanelerinizin sırasını not edin)
find.package("rmarkdown", lib.loc = NULL, quiet = FALSE, verbose = getOption("verbose"))

49.4 Sık karşılaşılan hataları giderme

“rmarkdown’da…tex derlenemedi”

  • TinyTex kurulumunu kontrol edin veya TinyTex’i C: konumuna kurun. TinyTex’in nasıl kurulacağını öğrenmek için [R temelleri] sayfasına bakabilirsiniz.
# tinytex'i kontrol edin/yükleyin, C: konumuna
tinytex::install_tinytex()
tinytex:::is_tinytex() #  DOĞRU döndürmelidir (üç kolonu da not alın)

İnternet rutinleri yüklenemiyor

Örneğin, Error in tools::startDynamicHelp() : internet rutinleri yüklenemiyor

  • Araçlar/Global Seçenekler aracılığıyla RStudio’dan 32 bit sürümü seçmeyi deneyin.
    • not: Menüde 32 bit sürüm görünmüyorsa, RStudio v1.2’yi kullanmadığınızdan emin olun.
  • Alternatif olarak, R’ı kaldırıp farklı bir bit sürümüyle yeniden yüklemeyi deneyin (64 yerine 32)

C: kitaplık paketleri manuel olarak yüklemeye çalıştığımda bir seçenek olarak görünmüyor

  • RStudio’yu yönetici olarak çalıştırın, bu seçenek görünecektir.
  • RStudio’yu her zaman yönetici olarak çalışacak şekilde ayarlamak için Rstudio simgesine sağ tıklayın

Aşağıdaki resim, bir paketin kurulacağı kitaplığı manuel olarak nasıl seçebileceğinizi gösterir. Bu pencere, Paketler RStudio bölmesini açtığınızda ve “Yükle” yi tıkladığınızda görünür.

Pandoc 1 hatası

Ağ sürücülerinde R Markdowns komut dosyalarını örerken “pandoc hatası 1” alıyorsanız:

  • Birden fazla kitaplık konumundan önce harfli sürücüye sahip olanı listeleyin (yukarıdaki kodlara bakın)
  • Yukarıdaki çözüm, yerel sürücüde örerken ancak ağ bağlantılı bir internet bağlantısındayken işe yaradı.
  • Burada daha fazla ipucu bulabilirsiniz: https://ciser.cornell.edu/rmarkdown-knit-to-html-word-pdf/

Pandoc Hatası 83

Hata şuna benzer: can't find file...rmarkdown...lua.... Bu, bu dosyayı bulamadığı anlamına gelir.

https://stackoverflow.com/questions/58830927/rmarkdown-unable-to-locate-lua-filter-while-knitting-to-word ’e bakın

Olasılıklar:

  1. Rmarkdown paketi kurulu değil
  2. Rmarkdown paketi bulunamadı
  3. Bir yönetici hakları sorunu.

R’ın rmarkdown paket dosyasını bulamaması mümkündür, bu nedenle rmarkdown paketinin hangi kütüphanede olduğunu kontrol edin (yukarıdaki koda bakın). Paket, erişilemeyen (örneğin, “\" ile başlayan) bir kitaplığa kuruluysa, onu manuel olarak C:’ye veya başka bir adlandırılmış sürücü kitaplığına taşımayı düşünün. rmarkdown paketinin TinyTex kurulumuna bağlanabilmesi gerektiğini, bu nedenle bir ağ sürücüsündeki bir kitaplıkta yaşayamayacağını unutmayın.

Pandoc Hatası 61

Örneğin: Error: pandoc document conversion failed with error 61 or Could not fetch...

  • RStudio’yu yönetici olarak çalıştırmayı deneyin (simgeye sağ tıklayın, yönetici olarak çalıştır’ı seçin, yukarıdaki talimatlara bakın)
  • Ayrıca ulaşılamayan belirli paketin C: kitaplığına taşınıp taşınamayacağına da bakın.

LaTex hatası (aşağıya bakın)

Şuna benzer bir hata: ! Package pdftex.def Error: File 'cict_qm2_2020-06-29_files/figure-latex/unnamed-chunk-5-1.png' not found: using draft setting. or Error: LaTeX failed to compile file_name.tex.

Pandoc Hatası 127

Bu bir RAM (boşluk) sorunu olabilir. R oturumunuzu yeniden başlatın ve tekrar deneyin.

Ağ sürücülerini eşleme

Bir ağ sürücüsünü eşlemek riskli olabilir. Bunu denemeden önce bilgi işlem departmanınıza danışın.

Bu [forum tartışmasından] ödünç alınmış bir yorumdur: (https://stackoverflow.com/questions/48161177/r-markdown-openbinaryfile-does-not-exist-no-such-file-or-directory/55616529?noredirect=1#comment97966859_55616529):

“Eşlenmiş bir ağ sürücüsü aracılığıyla” bir dosya nasıl açılır?

  • Öncelikle, erişmeye çalıştığınız ağ konumunu bilmeniz gerekir.
  • Ardından, Windows dosya yöneticisinde, sağdaki bölmede “Bu PC”ye sağ tıklamanız ve “Bir ağ sürücüsünü eşle”yi seçmeniz gerekecektir.
  • Ağ konumunu daha önce harfli bir sürücü olarak tanımlamak için diyalogu gözden geçirin.
  • Artık açtığınız dosyaya ulaşmanın iki yolu var. Sürücü harfi yolunu kullanmak işe yaramalıdır.

install.packages() dosyasında hata

Bir “kilit” dizininden bahseden bir hata alırsanız, örneğin: Error in install.packages : ERROR: failed to lock directory... Paket kitaplığınıza baktığınızda adı “00LOCK” ile başlayan bir klasör göreceksiniz. Aşağıdakileri deneyin:

  • “00LOCK” klasör dizinini paket kitaplığınızdan manuel olarak silin. Paketi yeniden yüklemeyi deneyin.
  • Ayrıca pacman::p_unlock() komutunu da deneyebilirsiniz (bu komutu proje her açıldığında çalışması için Rprofile’e de koyabilirsiniz.). Ardından paketi yeniden yüklemeyi deneyin. Birkaç deneme gerektirebilir.
  • RStudio’yu Yönetici modunda çalıştırmayı deneyin ve paketleri tek tek yüklemeyi deneyin.
  • Diğerleri başarısız olursa, paketi başka bir kitaplığa veya klasöre (örn. Temp) kurun ve ardından paketin klasörünü istenen kitaplığa manuel olarak kopyalayın.