5 Önerilen paketler

Aşağıda R ile yapılan epidemiyolojik çalışmalarda yaygın olarak önerilen paketlerin uzun bir listesi bulunmaktadır. Aşağıdaki kodu kopyalayabilir ve çalıştırabilirsiniz. Bu paketlerin tümü CRAN’dan mevcut R oturumunda kullanılmak üzere indirilecektir. Paket zaten kuruluysa, yalnızca oturumda kullanılması için yüklenecektir.

İstemediğiniz paketleri çıkarmak için kodu # sembolleri ile değiştirebilirsiniz.

Ek not:

• Aşağıdaki kodu çalıştırmadan önce pacman paketini kurmalısınız. Bunu install.packages("pacman") ile yapabilirsiniz. Bu el kitabında, gerekirse paketi kuran and mevcut R oturumunda kullanmak üzere yükleyen pacman’dan p_load()a vurgu yapmaktayız. Ayrıca base R’dan library() ile önceden kurulmuş paketleri de yükleyebilirsiniz.
  
• Aşağıdaki kodda, yüklenen paketlerin bağımlı olduğu diğer paketler bir girinti ve hash ile belirtilmiştir. Örnek olarak, ggplot2’nin tidyverse altında nasıl listelendiği inceleyebilirsiniz.
• Yüklenen birden çok paket aynı adda fonksiyonlara sahipse, en son yüklenen paketten gelen fonksiyonun önceliklendirildiği masking ortaya çıkabilmektedir. [R temelleri] sayfasında daha fazlasını bulabilirsiniz. Bu tür çakışmaları yönetmek için conflicted paketini kullanabilirsiniz.
• pacman ve maskeleme hakkında daha fazla bilgi için paketlerle ilgili [R temelleri] bölümüne bakınız.

Bu el kitabının hazırlanması sırasında kullanılan R, RStudio ve R paketlerinin sürümlerini görmek için [Yazı ve teknik notlar] sayfasına bakınız.

5.1 Packages from CRAN

##########################################
# Önemli epidemiyoloji R paketlerinin listesi #
##########################################

# Bu komut dosyası, pacman R paketindeki p_load() işlevini kullanır, 
# paket yoksa indirilir ve zaten kuruluysa kullanım için yüklenir


# "pacman" paketinin kurulu olduğundan emin olur
if (!require("pacman")) install.packages("pacman")


# Packages available from CRAN
##############################
pacman::p_load(
     
     # R'ı öğrenmek
     ############
     learnr,   # RStudio Eğitimi bölmesinde etkileşimli rehberler
     swirl,    # R konsolunda etkileşimli rehberler
        
     # proje ve dosya yönetimi
     #############################
     here,     # R proje ana klasörüne göre dosya yönetimi
     rio,      # birçok veri türünün içe/dışa aktarımı
     openxlsx, # çok sayfalı Excel çalışma kitaplarını içe/dışa aktarma
     
     # paket kurulumu ve yönetimi
     ################################
     pacman,   # paket indirme/yükleme
     renv,     # ekiple çalışırken paket sürümlerini yönetme
     remotes,  # Github'dan indirme
     
     # Genel veri yönetimi
     #########################
     tidyverse,    # düzenli veri analizi ve sunumu için birçok paket içerir
          #dplyr,      # data yönetimi
          #tidyr,      # data yönetimi
          #ggplot2,    # data gösterimi
          #stringr,    # dizeler ve karakterlerle çalışma
          #forcats,    # faktörlerle çalışma
          #lubridate,  # tarihlerle çalışma
          #purrr       # yineleme ve listelerle çalışma
     linelist,     # satır listesini temizleme
     naniar,       # eksik verilerin değerlendirilmesi
     
     # İstatistik  
     ############
     janitor,      # tablolar ve veri temizleme
     gtsummary,    # tanımlayıcı ve istatistiksel tablolar hazırlama
     rstatix,      # istatistiksel testleri ve özetleri hızla çalıştırma
     broom,        # regresyonlardan elde edilen sonuçları düzenleme
     lmtest,       # likelihood-ratio testleri
     easystats,
          # parameters, # regresyonlardan elde edilen sonuçları alternatif düzenleme
          # see,        # forest plot'ları alternatif görseleştirme 
     
     # epidemic modelleme
     ###################
     epicontacts,  # Transmisyon networklarını analiz etme
     EpiNow2,      # Rt tahmini
     EpiEstim,     # Rt tahmini
     projections,  # İnsidans projeksiyonları
     incidence2,   # Epidemiyolojik eğrileri yapma ve insidans verilerini işleme
     i2extras,     # İnsidans2 paketi için ekstra fonksiyonlar
     epitrix,      # Faydalı epidemiyoloji fonksiyonları
     distcrete,    # Ayrık dağılımlar
     
     
     # plots - genel
     #################
     #ggplot2,         # tidyverse içinde bulunmaktadır
     cowplot,          # plotları birleştirme  
     # patchwork,      # plotları birleştirme   (alternatif)     
     RColorBrewer,     # renk skalaları
     ggnewscale,       # ek renk katmanları ekleme

     
     # plots - özel türler
     ########################
     DiagrammeR,       # DOT dilini kullanan diyagramlar
     incidence2,       # epidemic eğriler
     gghighlight,      # bir alt kümeyi vurgulama
     ggrepel,          # akıllı etiketler
     plotly,           # interaktif grafikler
     gganimate,        # animasyonlu grafikler 

     
     # gis
     ######
     sf,               # Basit Özellik formatı kullanarak uzamsal verileri yönetme
     tmap,             # Basit haritalar üretme (Hem etkileşimli hem de statik haritalar oluşturulabilir)
     OpenStreetMap,    # ggplot haritasına OSM temel haritası ekleme
     spdep,            # geografik istatistikler
     
     # rutin raporlar
     #################
     rmarkdown,        # PDF, Word, Powerpoint ve HTML dosyaları üretme
     reportfactory,    # R Markdown çıktılarının otomatik organizasyonu
     officer,          # powerpoint
     
     # kontrol paneli
     ############
     flexdashboard,    # R Markdown komut dosyasını bir gösterge panosuna dönüştürme
     shiny,            # etkileşimli web uygulamaları
     
     # sunum için tablolar
     #########################
     knitr,            # R Markdown raporu oluşturma ve html tabloları
     flextable,        # HTML tablolar
     #DT,              # HTML tablolar (alternatif)
     #gt,              # HTML tablolar (alternatif)
     #huxtable,        # HTML tablolar (alternatif) 
     
     # filogenetik
     ###############
     ggtree,           # ağaçların görselleştirilmesi ve açıklanması
     ape,              # filogenetik ve evrim analizi
     treeio            # filogenetik dosyaları görselleştirme
 
)

5.2 Github paketleri

Aşağıda, iki paketi doğrudan Github sunucularından indirmek için gerekli komutlar verilmiştir.

• epicontacts’ın geliştirme sürümü, zamansal bir x ekseni ile transmisyon ağaçları oluşturma özelliğini içermektedir.
• epirhandbook paketi bu el kitabı için tüm örnek verileri içermektedir. Bunun dışında el kitabının çevrimdışı sürümünü indirmek için kullanılabilir.

# Github'dan indirilecek paketler (CRAN'da mevcut değildir)
##########################################################

# Epicontacts geliştirme versiyonu (x ekseni zamanına sahip transmisyon zincirleri icin)
pacman::p_install_gh("reconhub/epicontacts@timeline")

# Tüm örnek verileri de içeren bu el kitabının paketi
pacman::p_install_gh("appliedepi/epirhandbook")